Wydziałem Filologicznym kieruje dziekan, dr Anna Stolarczyk-Gembiak, która sprawuje nadzór nad działalnością wydziałowych jednostek organizacyjnych i jest bezpośrednim przełożonym wszystkich pracowników wydziału. Dziekan reprezentuje wydział na zewnątrz.
W imieniu dziekana działa prodziekan, mgr Ewa Konieczna, która zajmuje się w szczególności sprawami studenckimi, organizacją praktyk zawodowych oraz rekrutacją na studia.
Rada Wydziału jest organem kolegialnym, w skład którego wchodzi dziekan, prodziekan, kierownicy katedr, przedstawiciele nauczyczeli akademickich, studentów i pracowników administracji. Do kompetencji rady należy: uchwalanie strategii rozwoju wydziału, programów kształcenia dla prowadzonych kierunków studiów, dokonywanie systematycznej oceny procesu kształcenia, przedkładanie Senatowi PWSZ w Koninie wniosków dotyczących kierunków studiów i specjalności oraz podejmowanie uchwał w sprawach wymagających opinii społeczności wydziału. Prace doradcze i opiniodawcze na wydziale są prowadzone w ramach czterech komisji wydziałowych.
W ramach Wydziału Filologicznego działają dwie katedry:
- Katedra Badań nad Językiem, Literaturą i Przekładem, którą kieruje prof.zw. dr hab. Barbara Lewandowska-Tomaszczyk
- Katedra Badań nad Uczeniem się i Nauczaniem Języków Obcych, którą kieruje dr. Marek Derenowski